藥學是云南省優勢特色重點建設學科，2011年獲一級學科碩士學位授權點，2014年獲藥學碩士專業學位授權點；碩士研究生培養已覆蓋藥物化學、藥理學、藥物分析學、藥劑學、生藥學、臨床藥學、社會與管理藥學等全部二級學科，并依托臨床醫學招收博士研究生。博士研究生招生規模每年已達2—3名，碩士研究生招生規模每年達到30—39名。

多年來參與了三七、燈盞花、天麻、石斛等“云藥”系列產品的產業化研究，主持完成了國家一類抗腫瘤新藥“派乃克”、國家一類抗痛風新藥“芒果苷”和國家六類治療燥熱型咳嗽新藥“桑蟬止咳膏”的臨床前研究，并全部實現了成果轉化，為云南生物醫藥產業提供了重要技術支撐和積極貢獻。

現有教育部藥學實踐教育基地、云南省藥物學高新技術創新人才培養基地，以及云南省天然藥物藥理學研究創新團隊、云南省丁健院士工作站、云南省藥物政策研究中心、云南省國際合作研究基地、云南省高校藥學重點實驗室、中國科學院上海藥物研究所-昆明醫科大學天然藥物研究聯合實驗室、云南省天然藥物藥理重點實驗室昭通天麻研究中心等高水平人才培養和科技創新平臺，是云南省藥理學會理事長單位。